Idea utworzenia muzeum prezentującego dorobek i wkład luteran w rozwój Śląska Cieszyńskiego pojawiała się w środowisku cieszyńskich ewangelików już wiele lat przed powstaniem miejsca.
Przez lata organizowano wystawy czasowe, na których prezentowano przede wszystkim zbiory Biblioteki im. B.R. Tschammera, a także przedmioty należące do parafii i osób prywatnych. Z czasem stało się jasne, że bogate dziedzictwo cieszyńskich ewangelików potrzebuje stałego miejsca, w którym będzie można je nie tylko prezentować, ale również właściwie przechowywać i chronić.
Przełom nastąpił w 2004 roku, kiedy w związku z przygotowywaniem projektu „Ochrona i konserwacja cieszyńskiego dziedzictwa piśmienniczego” powrócono do planów utworzenia stałego miejsca muzealnego w ramach parafii.
Dzięki wsparciu finansowemu Mechanizmu Finansowego Europejskiego Obszaru Gospodarczego w 2007 roku rozpoczęto prace nad przygotowaniem pomieszczeń muzealnych. Powstały trzy sale ekspozycyjne, wyposażone w odpowiednie urządzenia zapewniające eksponatom właściwe warunki przechowywania oraz profesjonalny sprzęt wystawienniczy.
Otwarcie Muzeum Protestantyzmu odbyło się 29 marca 2009 roku. Uroczystość była częścią obchodów 300-lecia wyznaczenia miejsca pod budowę Kościoła Jezusowego. Wraz z otwarciem zaprezentowano pierwszą stałą wystawę zatytułowaną „Z dziejów luteranizmu na Śląsku Cieszyńskim”.
Kolejnym etapem rozwoju muzeum była realizacja, w latach 2017–2018, transgranicznego projektu w ramach programu Interreg Polska–Słowacja pt. „Razem wędrujemy już 500 lat / Spoločne putujeme už 500 rokov”, realizowanego we współpracy ze słowackim partnerem – Parafią Ewangelicką w Dolnym Kubinie. Dzięki temu przedsięwzięciu muzeum wzbogaciło się o nowe wyposażenie, a jego przestrzeń wystawiennicza została powiększona o dodatkową salę ekspozycyjną.
Muzeum w Kościele Jezusowym
Siedzibą Muzeum Protestantyzmu został Kościół Jezusowy w Cieszynie – miejsce wyjątkowe, mające ogromne znaczenie dla historii Śląska Cieszyńskiego oraz tej części Europy Środkowo-Wschodniej.
